Er kunnen extra regels gelden naast de AVG bij het verwerken van bijzondere persoonsgegevens. Zoals de Wet geneeskundige Behandelingsovereenkomst (WGBO) voor gegevens over gezondheid, waarin het medisch beroepsgeheim is vastgelegd.
Gegevens over gezondheid zoals medische gegevens mogen alleen worden verwerkt door of onder verantwoordelijkheid van een beroepsbeoefenaar die gebonden is aan een beroepsgeheim of verplicht is tot geheimhouding. Dat is in praktijk de bedrijfsarts of de arbodienst. Let op, een casemanager die de verzuimbegeleiding (tool) doet, valt hier niet onder. Deze partijen mogen in principe geen gegevens van een patiënt aan anderen verstrekken. De bedrijfsarts mag dus geen informatie over de gezondheid van werknemers delen met de werkgever. De werkgever mag alleen over de gegevens beschikken die nodig zijn voor de verzuimadministratie en de re-integratie.
Het medisch beroepsgeheim geldt onder meer voor artsen (dus ook de bedrijfsarts), GZ-psychologen, psychotherapeuten, fysiotherapeuten, verloskundigen en verpleegkundigen. Het is wettelijk geregeld in de Wet geneeskundige behandelingsovereenkomst (WGBO). Sommige werkgevers hebben als onderdeel van de arbozorg en preventie een bedrijfsmaatschappelijk werker ingehuurd voor hun werknemers. Daar is geen wettelijk geregeld medisch beroepsgeheim voor. Deze zorgverleners hebben echter wel een geheimhoudingsplicht. Ook zij mogen dus geen gezondheidsgegevens delen met de werkgever. De geheimhoudingsplicht is vaak geregeld in een beroepscode net als bij de vertrouwenspersoon bijvoorbeeld, en vaak is er ook tuchtrecht van toepassing.