Een bedrijfsarts is vaak de belangrijkste deskundige van een arbodienst met wie de werknemer contact heeft. Maar er kan natuurlijk ontevredenheid ontstaan over de aanpak of de behandeling. De arboadviseur kan de werknemer de weg wijzen als deze hierover een klacht wil indienen.
Een werknemer kan na een bezoek aan de bedrijfsarts zijn twijfels hebben over de aanpak of zich onheus behandeld voelen. Dat kan ertoe leiden dat de werknemer een klacht heeft over een bedrijfsarts. In dat geval staan hem verschillende wegen open. De eerste stap is vanzelfsprekend dat de werknemer zijn klacht met de bedrijfsarts zelf bespreekt. Als dit onvoldoende oplevert, kan de werknemer terecht bij de leiding van de arbodienst waar de bedrijfsarts werkt. Elke arbodienst in Nederland (tools) moet een klachtenregeling hebben.
Maar er zijn ook bedrijfsartsen die als zelfstandige werken en worden ingehuurd. Zij zijn dan eveneens verplicht zelf een klachtenregeling te hebben. Als ze zijn aangesloten bij de Vereniging van Zelfstandige en Freelance Bedrijfsartsen (ZFB) hebben ze een collectieve klachtenregeling. Als een klacht over een niet-medische kwestie - vaak een onprettige bejegening - niet goed door de arbodienst wordt behandeld, dan is de onafhankelijke Geschillencommissie voor Arbodiensten nog een optie. Het Regionaal Tuchtcollege voor de Gezondheidszorg accepteert zowel klachten over het medisch-inhoudelijk handelen als over een onjuiste behandeling. Klachten over een aanstellingskeuring (artikel) kunnen worden ingediend bij de Klachtencommissie Aanstellingskeuringen.