Sinds de aankondiging van het UBO-register kan het register al op flinke kritiek rekenen. Ondernemers ervaren het openbare register als een te grote inbreuk op hun privacy. Volgens de organisatie van Nederlandse familiebedrijven, FBNed, dreigen een aantal familiebedrijven zelfs uit te wijken naar het buitenland als het UBO-register een feit wordt.
Het UBO-register is onderdeel van de Europese witwasrichtlijn, die Nederland dus ook in nationale wetgeving moet omzetten. In het register komen gegevens van zogenoemde ‘ultimate beneficiairy owners’ (UBO's) te staan. Dat is in dit geval omschreven als een natuurlijk persoon met een belang van minstens 25% in een vennootschap (tools). Eenmanszaken, verenigingen van eigenaren en kerkgenootschappen zijn uitgezonderd van het register. In de praktijk betekent dit dat grootaandeelhouders van veelal familiebedrijven met naam en toenaam in het register worden genoemd. Uit het wetsvoorstel voor het register blijkt bovendien dat de basisgegevens voor iedereen toegankelijk zijn.
FBNed waarschuwt het kabinet in haar reactie op de internetconsultatie over het UBO-register dat het register averechts uitwerkt als het door iedereen kan worden ingezien, zonder dat de identiteit van de opvrager bekend is bij de betrokken UBO’s. Volgens de organisatie gaat het ‘veel te ver’ om het register openbaar te maken. Enkele leden van FBNed overwegen door de inbreuk op hun privacy zelfs een verhuizing naar het buitenland. Andere partijen uitten eerder al hun zorgen over het gebrek aan privacy van het UBO-register.