Organisaties die in de periode 2014-2020 subsidie krijgen via de Wet Bevordering Speur en Ontwikkelingswerk (WBSO) hoeven hun WBSO-voordeel niet in mindering te brengen op de gemaakte (loon)kosten als zij ook gebruikmaken van de Horizon 2020-subsidie of de subsidie uit het Europees Fonds voor Regionale Ontwikkeling (EFRO).
De nieuwe regeling voor het WBSO-voordeel uit de periode 2014-2020 werd onlangs bekendgemaakt door de Rijksdienst voor Ondernemend Nederland (RVO.nl) en geldt ook voor de organisaties die in de periode 2014-2020 gebruikmaakten van de voormalige Research & Development-aftrek (RDA-aftrek) en overige fiscale stimuleringsmaatregelen. De voordelen uit deze subsidieregelingen hoeven de organisaties op wie de nieuwe regel van toepassing is niet in mindering te brengen op de kosten (tool). Bij de EFRO-subsidie betreft de nieuwe regeling alle kosten en bij de Horizon 2020-subsidie gaat het specifiek om de loonkosten waarop geen voordeel in mindering hoeft te worden gebracht.
Het ministerie van Economische Zaken heeft één uitzondering gemaakt op de bovenstaande regel. Als het WBSO-voordeel onderdeel is van de Integrale Kostensystematiek, wordt het WBSO-voordeel meteen in mindering gebracht op de kosten. Dit gebeurt automatisch. De Integrale Kostensystematiek is een methode waarbij de hoogte van het subsidiebedrag is berekend aan de hand van de directe en indirecte kosten. Deze kosten worden via de Integrale Kostensystematiek direct toegerekend aan kostendragers, zoals machine-uren en arbeidsuren.