De OR heeft de mogelijkheid om voor conflicten op basis van de Wet op de ondernemingsraden (WOR) naar de bedrijfscommissie en naar de rechter te stappen. Is er onenigheid over het adviesrecht (artikel 25 WOR), dan komt de OR terecht bij de Ondernemingskamer. Het is echter sneller en beter voor de relatie tussen OR en bestuurder om eventuele conflicten op een andere manier op te lossen.
Loopt het overleg met de bestuurder vast, dan heeft de OR meerdere opties om het overleg weer op gang te helpen. Zo kan de OR bijvoorbeeld steun zoeken onder de achterban door handtekeningen te verzamelen. Ook is het mogelijk om een bijeenkomst te organiseren waar de werknemers hun stem kunnen laten horen en resultaten daarvan aan de bestuurder te presenteren. De OR voert de druk op de bestuurder verder op door de toezichthouders te benaderen of door de tijdsdruk op te voeren. Dit laatste kan de OR doen door bijvoorbeeld extra vragen te stellen of door gebruik te maken van de opschortingstermijn bij een besluit dat afwijkt van het advies van de OR (artikel 25, lid 6 WOR). Ook is het een optie om de vakbonden of de media in te lichten. Zeker bij die laatste optie moet de OR er wel rekening mee houden dat het de relatie met de bestuurder flink onder druk kan zetten en dat het ook kan leiden tot imagoschade voor de organisatie.
Leiden de genoemde opties niet tot het gewenste resultaat voor de OR en gaat het om een onderwerp dat erg belangrijk is voor de OR en de achterban, dan kan de OR naar de bedrijfscommissie, de Ondernemingskamer of de kantonrechter stappen. Voorheen was de OR verplicht om eerst de bedrijfscommissie in te schakelen, voordat een stap naar de kantonrechter mogelijk was. Deze verplichting is echter vervallen sinds de Eerste Kamer is op 25 juni 2013 definitief akkoord ging met de voorgestelde wetswijziging van de WOR. De OR kan sindsdien dus ook rechtstreeks naar de kantonrechter stappen. Het voordeel van de bedrijfscommissie is echter dat deze niet alles deskundig is, maar bemiddelt tussen OR en bestuurder en dat het advies niet-bindend en geheel kosteloos is.
Ziet de OR zich genoodzaakt om naar de bedrijfscommissie, Ondernemingskamer of kantonrechter te stappen, dan is er nog één laatste optie die uitkomst kan bieden. De bestuurder zit doorgaans namelijk ook niet te wachten op procedures. Bovendien boekt de OR vaak succes bij rechter. Soms is daarom alleen al voldoende als de OR tijdens de overlegvergadering benoemt dat de raad verdere stappen overweegt. Het kan de bestuurder doen inzien dat het de OR menens is. De OR moet er in zo'n geval wel rekening mee houden dat als het puntje bij paaltje komt, de OR wel daadwerkelijk moet doorzetten. Doet de OR dat niet, dan verzwakt dit de positie van de OR.